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魔法学院第一届魔法少年卡丁、花儿、米粒、云朵云彩、唐帅、皓天等人已经成为优秀的精灵国卫士，队长卡丁成功接任魔法学院总教官的重任，花儿、米粒任命魔法学院的魔法导师，继续留在魔法学院。魔法学院迎来了新一届的开学仪式，卡丁、花儿、米粒、小咕咚一起筹备了这场盛大的招生典礼。精灵国许许多多的公主和王子都收到了魔法学院的邀请函，前来魔法学院学习魔法。除此之外，还有许多精灵国的小精灵也纷纷前来魔法学院报名，希望可以获得学习魔法的机会。来自火国的阳光，雷族的克拉、克莉，圣光族的叮当在魔法火车中相遇，并与金银国的仔仔发生了小争执。而此时，坏蛋黑巫师得知了魔法学院招生典礼的消息，开始打起了坏主意。来到魔法火车上，观察到仔仔是他最合适的人选，于是准备选定仔仔，帮他集齐魔法勋章，助他成为最强大的巫师。到达魔法学院后，在导师的安排下阳光、克拉、克莉、叮当、仔仔和水国的星洛、星月成为一支七人的魔法小队，性格骄傲自满的仔仔不愿意与他们为伍，我行我素，独自住进一幢魔法宿舍。在将近一个月的学习之中，少年们从花儿、米粒导师那里学到了很多的知识。小队的成员相处越来越融洽也越来越团结。学习结束后，魔法少年们迎来了一场真正的考核——魔法营地之旅。作为是否能成为正式学员的考核标准，和平任务有着不小的难度。除此之外，完成的任务难度越高，获得魔法勋章的可能性越大，当集齐三块魔法勋章之后，不但能成为魔法精英小队，更能大大地提升自身的魔法能量。魔法少年们因此开启了一场神秘的魔法之旅。