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迷你特工队通过恐龙星球的科技得到了全新的超级恐龙力量，并勇敢面对敌人——怪诞博士，防止他赋予万物邪恶的力量来对城市进行破坏。在防御住了怪诞博士的攻击后，为了应对今后的强敌，迷你特工队迅速补充了新的队员——丽娜。面对不断变强的敌人，包括丽娜在内的六名队员通过共同合作、运用智慧与勇气，最终击退一个又一个强敌，保护了人类和地球。