以卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。